本发明公开了一种医院特殊工艺环境全年冷热源供应系统及其运行方法，它包括冷水侧换热器和至少一泵机组件；冷水侧换热器具有与空调冷水管路相连的两冷水接口和至少一与泵机组件对应设置的介质口组，介质口组包括第一介质口和第二介质口；泵机组件包括热水侧换热器、四通阀、压缩机、储液罐、辅助换热器和第一节流装置、第二节流装置和生活热水换热器；热水侧换热器具有第一换热介质口、第二换热介质口和与空调热水管路相连的两热水接口；生活热水换热器的两介质流动口与空调热水管路相连。它利用四管制热泵机组在满足医院特殊工艺性场所空调系统加热热负荷需求之外的多余制热能力来给医院生活热水的供水系统进行加热，大大降低热水锅炉的负荷，来达到节能的效果。