本发明公开一种星敏感器在轨标定方法、装置和存储介质。该方法包括：从对整个视场进行成像得到的星图中提取并存储多个第一观测星的星点信息；将所述提取的多个第一观测星与预存的导航星表中的导航星进行匹配操作，查找出与所述导航星相匹配的第二观测星；采用加权系数法计算所述多个第二观测星的平均位置信息；计算所述每一第二观测星的位置与平均位置的差分值；根据所述第二观测星对应的星点信息执行多项式曲面拟合计算或插值计算得到所述整个视场的畸变值。利用本发明的技术方案，可以对星敏感器进行在轨标定，提高星敏感器标定的精度。