本发明提供一种考虑时间窗约束的集装箱港口应急物资优化调运方法，包含步骤：S1、以最小化集装箱在港总成本为目标建立目标函数，以集港时间、闸口为船舶分配的外集卡数量、外集卡的排队长度与平均等待时间、堆场内集装箱的占用空间及占用时间作为约束，建立上层模型，为船舶对应的外集卡任务规划时间窗，该时间窗为外集卡运送集装箱的起止时段；S2、基于船舶对应外集卡任务的优先级，以最小化时间窗调整成本为目标，建立下层模型调整所述时间窗；S3、基于L‑CGA算法，进一步优化调整后的时间窗为对应的真实时间窗，外集卡基于船舶的所述真实时间窗执行任务。本发明可以有效减少集装箱在港总成本，优化外集卡到达模式，确保应急物资的优先调运。