本发明公开了一种基于波形惯性的零序过流保护防误动方法。本发明采用的步骤如下：S1，保护启动，实时计算零模涌流的基波有效值和二次谐波有效值；S2，判断零序电流有效值是否达到零序过流保护启动门槛，若到达门槛，启动零序过流保护，开始延时计时；S3，判断二次谐波含量，若在设定延时内二次谐波含量始终小于整定值，则零序过流保护出口动作；S4，从保护启动后的第二个周波开始，实时计算零模涌流波形惯性度；S5，若二次谐波含量大于整定值，判断零模涌流波形惯性度，若大于整定值，则制动零序过流保护，此后一旦检测到惯性度小于整定值，立即开放保护，零序过流保护动作。本发明可以防止某些情况下变压器投运过程时零序电流初始值大且衰减时间长造成的零序过流保护误动问题。