本发明提供一种储能电站电能质量主动控制方法和装置，基于谐振器分离端口电压中的谐波和不平衡电压分量确定谐波阻抗系数；基于谐波阻抗系数确定储能电站中电力电子变流器的指令电压；基于所述电力电子变流器的指令电压对储能电站的电能质量进行主动控制。本申请基于自同步电压源实现储能电站的电能质量主动控制，无需分离谐波和基频分量，基于储能电站的剩余功率容量得到谐波阻抗系数，并根据谐波阻抗得到电能质量主动控制环节指令电压，相比于基于谐波电流的电能质量主动控制策略，降低了计算复杂，实现电能质量闭环控制的同时，可以避免电能质量主动控制对储能电站自身运行的影响，提高了特高压直流送端电网的频率稳定性。