本发明提供一种服务器密码机的数据处理方法、装置及服务器密码机，方法包括：上层软件模块向底层硬件模块发送控制指令；接收所述底层硬件模块根据所述控制指令对所述底层硬件模块进行解析传输的数据进行处理得到的处理结果；所述底层硬件包括：中央处理器CPU、与所述CPU通信连接的现场可编程门阵列FPGA接口模块以及所述FPGA接口模块通信连接的算法FPGA模块；所述FPGA接口模块根据上层软件模块的控制指令对其接收到的数据报文发送至所述算法FPGA模块进行安全运算处理或者发送至所述CPU处理。本发明的方案释放了中央处理器CPU的运算能力，缩减了软件开发的难度；提高了安全性和快速响应能力；增大了系统的算法处理性能；保证了服务器密码机的安全性。