本发明涉及功能化磁性纳米材料技术领域，提供了一种基于DNA四面体的复合磁性纳米材料、制备及应用，所述制备方法包括：通过DNA单链的自组装反应合成DNA四面体，在二硫化钼颗粒表面负载磁性纳米颗粒，在二硫化钼颗粒裸露的活性硫原子上修饰金纳米颗粒，在金纳米颗粒上修饰DNA四面体，在DNA四面体上孵育连接蛋白质抗体。利用本发明的方法所制备的材料用于血清中低丰度蛋白富集和检测，可通过抗原‑抗体之间的特异性反应高效、高选择性的富集血清中的特定的低丰度蛋白，且该材料以磁性纳米材料为基质，因而具有使用简便快速的特点，大大缩短血清复杂基质的处理时间，能够实现对复杂基质中低丰度蛋白的高效、高选择性富集。