本发明公开了基于航道两侧的鱼类感应系统及操作方法、控制方法，沿航道的两侧依次布设多个鱼类感应装置，用于接收当船只沿所述航道行驶时发出的声波作用于鱼类时的反馈信号；多个鱼类感应装置沿所述航道的每一侧按照所述航道的长度方向等距排列设置，并且每一侧若干鱼类感应装置相对于所述航道的垂直方向自第一个鱼类感应装置至最后一个鱼类感应装置、逐渐增加安装距离；软件控制模块，用于接收所述接收装置发射的速度频率信号并分析得到鱼类的实时加速度。可广泛应用于生物监测技术领域。