本发明公开了一种物流输送系统及空盘缓存调度的控制方法，物流输送系统包括灌封装盘单元、卸盘后包单元、空盘输送通道、满盘输送通道和控制器单元，所述灌封装盘单元和卸盘后包单元分别设置于空盘输送通道的两端，所述空盘输送通道和满盘输送通道首尾连通形成回路，所述满盘输送通道中部为可存放盘子的循环输送通道，所述空盘输送通道与所述循环输送通道之间设有连接辊道，所述循环输送通道的首尾两端设有循环辊道以形成闭环回路，所述循环输送通道设有垛型检测单元，所述垛型检测单元的输出端和控制器单元连接。本发明使得能够实现满垛和空垛灭菌盘混合缓存，满足了不同工况下的生产需求，提高了物流输送系统的自适应能力，明显提升了鲁棒性能。