本发明提供了一种专变用户计量异常监测方法及系统，包括步骤：采集目标计量点及参考计量点处同一时刻的包括三相电压、电流和功率因数曲线在内的数据；计算变压器阻抗；计算目标计量点修正后的电压幅值、修正后的电压夹角和电压相位偏移；计算目标计量点的高压侧的线电压与高压侧相电压；计算参考计量点的高压侧相电压；根据目标计量点和参考计量点的高压侧电压，构造评估方程；调整目标计量点的电流系数，重新计算目标计量点高压侧相电压，并寻找评估方程的最小值；当评估方程的值最小时，判断此时电流系数的大小，若电流系数与1之间的差值大于预设值，则判定目标计量点处的电流采集异常。本发明能精确识别电流异常引起的计量失准或窃电行为。