本申请公开了一种卫星转发器转发干扰的定位系统及方法，该系统包括：信号发生装置、地球站子系统、频谱采集装置以及计算机设备；信号发生装置，用于生成预设频率范围内的单载波信号；地球站子系统，包括多个地球站，每个地球站用于当卫星运动到漂移轨迹上预设的至少两点时分别向卫星发送至少一次单载波信号，以及接收卫星转发后的单载波信号；频谱采集装置，用于采集卫星转发后的单载波信号；计算机设备，用于根据每点转发后的单载波信号确定时延信息；当存在转发干扰时，分别计算出每点对应的星地距离，根据至少两点之间的距离以及星地距离确定出存在转发干扰的地球站的位置信息。本申请解决了现有技术中定位不准确或导致通信中断的技术问题。