本发明公开了一种红外与可见光图像配准方法、系统及存储介质，包括：对红外图像和可见光图像进行预处理；通过频率调谐分别对红外图像和可见光图像进行显著性增强，得到显著性响应图；将得到的红外和可见光的显著性响应图进行相位一致性检测，提取两幅图像中的相似性结构边缘特征；分别对处理后的相似性结构边缘图像进行特征点提取，利用匹配算法对提取的特征点进行匹配，筛选误匹配点，计算得到配准图像。本发明采用图像结构信息的特征进行配准，克服了传统方法难以在差异较大的红外和可见光异源图像中提取有效特征的问题，不但具有提高图像配准的精度和速度的优点，而且可以应用于嵌入式平台中，具有广阔的市场前景和应用价值。