本发明公开了一种基于高速接口扩展的直流控制保护系统，包括主从系统，主从系统通过通信线缆连接相应的主从数据通道；所述主从系统包括多核DSP数据处理模块和多个FPGA通信接口模块；所述多核DSP数据处理模块和多个FPGA通信接口模块之间通过PCIE通道进行数据交换；所述主系统的多核DSP数据处理模块与从系统的多核DSP数据处理模块之间通过PCIE通道进行数据交换。本发明的系统实现单系统运行或双系统冗余运行，提高了数据处理能力和抗硬件异常能力，且系统灵活可配置，降低了系统的设计难度。