本申请提供一种含有变压器隔离的低频输电系统及其控制方法。所述含有变压器隔离的低频输电系统，包括三相工频系统，低频系统和交交变换器；包括第一隔离刀闸，连接交交变换器的三相工频端口；包括第二隔离刀闸，连接交交变换器的低频端口；还包括至少一个隔离变压器，位于第一隔离刀闸和三相工频系统之间或者位于第二隔离刀闸和低频系统之间。本申请通过改变隔离变压器的变比和位置，改变交交变换器两侧变换的电压，以适应不同电压等级和频率的交流系统，同时还能适时减少交交变换器每个链节的模块数量，降低系统成本。此外，本申请设置了隔离刀闸操作，可以将交交变换器处理为无功补偿设备，增加了设备的可用率。