本发明公开一种混合级联直流系统的交流故障穿越方法，包括：所述混合级联直流系统逆变侧发生交流系统故障时，根据逆变侧交流系统的故障类型、故障严重程度以及混合直流系统的运行工况确定是否生成移相信号；如逆变侧生成移相信号，则将其传送给整流侧；整流侧收到移相信号后，执行相应移相命令。从而临时降低整流侧功率，避免逆变侧电压源型换流器出现直流过压，实现交流系统故障穿越。本发明同时公开了相应的控制系统。本发明能够有效处理混合级联直流系统中，逆变侧电压源型换流器因交流系统故障引起的直流过压问题，避免并联耗能回路承受过大能量，保证直流系统和设备的安全稳定运行。