本发明属于生物技术领域，具体涉及马铃薯黑胫病菌的特异性引物、MGB探针及其应用。本发明的马铃薯黑胫病菌的特异性引物和探针，引物的核苷酸序列为：BL4‑F：5’‑GCCGTTGAAACGACCATGAG‑3，BL4‑R:5'‑GGTATCAACGGTTTTGGCCG‑3'；所述探针的序列为：BL4probe：5'‑TATACGCCATGTAATCAGCA‑3'。本发明的引物及探针联合应用具有良好的特异性、高灵敏度、高准确度，模版在1×101～1×106拷贝/μL范围内均可以准确检出。因此，本发明的特异性引物及探针可用于马铃薯黑胫病病菌数量的确定，并为马铃薯黑胫病的发生提供预测预报。