本发明公开了高铁路基变形自适应控制系统及方法，该系统包括：若干基底位移传感器、扩孔器、液体存储罐及控制器，所述基底位移传感器及所述扩孔器埋设于路基下方，所述扩孔器由若干相邻且相互独立的腔室组成，所述腔室两端分别设有液体输入管与液体输出管，与所述液体存储罐相连形成回路，所述腔室与所述液体输入管之间设有输入阀门，所述腔室与所述液体输出管之间设有输出阀门，所述控制器根据所述基底位移传感器的位移值控制所述输入阀门及所述输出阀门。实现了对高铁路基变形的监测，有效地调节高铁路基的差异沉降，并自适应地对基底差异沉降进行调整，进而提高高铁路基的平顺性和稳定性。