本发明公开了一种消灭型处理餐厨垃圾的微生物菌剂及其制备方法和应用。所述的微生物菌剂由复合菌液和载体按照质量比1：2.5～7混合而成，所述的复合菌液中含有芽孢杆菌(Bacillus sp.)GA25 GDMCC No.611811.5～2.5×1012个/L、酿酒酵母菌(Saccharomyces sp.)SG06 GDMCC No.61182 2.0～3.5×1013个/L和芽胞杆菌(Bacillus sp.)GA322 GDMCC No.61180 3.0～4.5×1012个/L；所述的载体由锯末：谷壳按照质量比1:0.3～0.6混合而成。本发明的消灭型处理餐厨垃圾的微生物菌剂是将3株菌种按照一定比列混合后形成的复合微生物菌剂，按照相应的量投放入餐厨垃圾处理机器后，在55‑65℃的温度下，其可高效降解餐厨垃圾，不需要前期的脱水，后期也不产生任何废水，转化为二氧化碳和水蒸气，废渣量只有0.1‑0.5％，减少了人工投入。