本发明公开了一种米酵菌酸的全自动检测装置，包括：全自动固相萃取仪，所述全自动固相萃取仪上设有出样区，所述出样区用于放置洗脱后的样品；液相色谱仪，所述液相色谱仪上设有进样口；转运装置，所述转运装置包括取样装置、转移装置和清洗装置，所述取样装置设置于所述转移装置上，所述转移装置用于在所述出样区和进样口之间移动所述取样装置，所述取样装置用于将所述出样区内的样品取出或将所述取样装置内的样品输送至进样口，所述清洗装置位于所述取样装置的移动路径上，用于清洗所述取样装置；控制系统，所述控制系统与所述转运装置电连接，以控制所述转运装置的运动。