本发明公开了一种滩涂贝类多营养层级的生态养殖小区，包括由若干相互独立的养殖单元构成的虾蟹贝养殖区，每个养殖单元的一侧设有进水沟渠，每个养殖单元的另一侧设置有排水沟渠，进水沟渠、养殖单元以及排水沟渠依次存在高度差以实现水流从进水沟渠、养殖单元至排水沟渠的流动；若干个进水沟渠的一端连通有同一个进水总渠，进水总渠的一端与外部水源相连通，若干个排水沟渠的一端连通有同一个排水总渠，排水总渠与若干个排水沟渠之间设置有同一个水处理池塘。本发明可针对海洋水产中的滩涂贝类规模化、多营养层级的生态养殖，以提供一种资源利用率高、可大规模应用推广的养殖小区模式。