一种综合能源系统孤岛运行时长仿真评估方法，步骤为：1)分析综合能源系统中可再生能源及负荷的历史运行数据，表征和提取综合能源系统中源荷不确定运行场景及其发生概率；2)依据提取的综合能源系统源荷不确定场景，建立综合能源系统孤岛下能源网络架构与运行时长联合评估的双层优化模型；3)对综合能源系统孤岛下能源网络架构与运行时长的联合评估双层优化模型进行等效转换，求解优化模型获取综合能源系统孤岛运行时长。本发明能够准确计及综合能源系统中源荷的可能发生场景，同时还能通过模型优化准确评估出综合能源系统孤岛运行时长，避免采用传统故障恢复时长进行估计而导致的高估或低估错判等问题。