本发明公开了一种线路保护光纤通道传输数据处理方法及装置，包括：获取对侧发送通信报文中数据帧格式数值；当数值为第一预设数值时，光纤通道两侧装置均在采样中断后定时发送采样数据和开关量数据；当数值为第二预设数值时，将前一帧校验异常的采样数据和采样序号及本帧的采样数据发送至对侧；当数值为第三预设数值时，对异常帧之前的1/4周波的采样数据进行相量计算，将三相电流实部和虚部及相应采样序号发送至对侧，并利用本侧和对侧1/4周波的电流相量合成用于差动保护的差动电流和制动电流。通过在采样中断后发送采样数据，检测到连续2次数据异常时，利用短窗算法计算相量并传递给对侧，以降低光纤通道偶发通信异常对差动保护的影响。