本发明公开了一种基于胸部CT图像的EGFR基因突变检测方法、系统和计算机可读存储介质，所述方法包括：接收待处理的胸部CT图像；从所述胸部CT图像上提取多个目标影像组学特征的特征变量，其中，每个所述目标影像组学特征，在第一显著性水平上不具有胸部平扫CT和胸部增强CT的显著性差异，在第二显著性水平上具有EGFR突变阳性和EGFR突变阴性的显著性差异；根据回归模型和所述特征变量，得到与所述待处理的胸部CT图像对应的评分值；根据所述评分值，确定所述待处理的胸部CT图像所属的肺癌患者EGFR基因突变检测结果，所述检测结果反映了所述EGFR基因突变的概率。本发明中的方法可以基于胸部平扫CT图像或增强CT图像检测EGFR基因突变，临床应用范围广。