本发明公开了一种数据采集设备、水下垂直阵阵元位置测量系统及方法，该方法包括：获取第一距离和第二距离；第一距离为垂直阵在竖直状态下的悬挂点与水面之间的距离，第二距离为垂直阵声学段顶端与水面之间的距离；获取垂直阵在倾斜状态下的深度；根据第一距离、第二距离及垂直阵在倾斜状态下的深度，计算第一倾斜角度；获取垂直阵声学段的中心深度；根据垂直阵声学段的中心深度、垂直阵在倾斜状态下的深度以及垂直阵的半阵长度，计算得到第二倾斜角度；获取垂直阵在竖直状态下的阵元间距；根据第一倾斜角度、第二倾斜角度、第一距离、第二距离以及阵元间距，计算得到垂直阵阵元位置。本发明可以提高水下垂直阵的阵元位置测量结果的准确性。