本发明实施例提供一种密文运算调试方法、计算引擎和密文运算系统。所述方法应用于密文运算系统中的计算引擎，密文运算系统中还包括任务控制节点，所述方法包括：接收密文运算任务的任务配置，任务配置中包括密文运算代码和标志变量的赋值语句；加载标志变量的赋值语句，并根据标志变量的赋值更新第一存储结构；在执行到标志变量的调用接口时，从第一存储结构中读取标志变量的赋值，并基于标志变量的赋值更新密文运算任务的任务配置；将更新后的任务配置发送至任务控制节点，通过任务控制节点将更新后的任务配置下发给密文运算任务的任务参与方。本发明实施例可以动态更新任务配置，减少用户学习成本以及提高计算引擎的处理效率。