本发明公开了一种基于二分法和分层最低点的断面插值加密方法，包括如下步骤：针对待插值处的上、下游断面数据，找出各自最低点；依据最低点将断面数据二分为左右两组，并找出各组最低点；重复上述过程，同时定义各层最低点的拓扑属性，直至无法继续分割；将处于相同分割深度层、父级数据点之间存在对应关系、而且处在各自父级数据点相同侧的两个数据点之间建立对应关系；在上、下游断面的端数据点之间建立对应关系，修正或补充上述对应关系；基于该对应关系，在待插值处进行线性插值，生成新的断面。本发明充分考虑了“水作为流体，受重力影响，更低点对于水流更重要”这一事实，更适用于水动力学计算。