本发明公开了一种圆柱电池端面整形方法及系统，属于电池加工技术领域，该方法在两个超声揉平头分别抵紧待整形圆柱的两个端面后，判断是否仅一个端面需整形，若是，控制与需整形端面对应的超声揉平头以预设压力反复挤压该端面第一预设次数，并在确定待整形圆柱电池的轴向长度位于第一预设长度范围内后，控制超声揉平头对需整形端面进行超声波揉平；若否，控制两个超声揉平头以预设压力分别反复挤压端面第二预设次数，并在确定待整形圆柱电池的轴向长度位于第二预设长度范围内后，控制两个超声揉平头分别对两个端面进行超声波揉平。相比现有技术，能够减少超声波揉平的时间并减小超声波揉平的振幅，避免出现圆柱电池边沿翻卷及卷芯涂料掉落的问题。