本发明涉及一种三维图像引导摆位的方法、系统及存储介质，方法包括：将患者的3D‑CT图像集采用自动分割算法自动分割出组织器官和肿瘤靶区，并通过组织器官模型重建算法，重建患者治疗计划的组织器官和肿瘤靶区的轮廓数据；基于患者的实时DR图像，采用人工智能网络算法生成患者的虚拟3D‑CT图像集；将患者的虚拟3D‑CT图像集采用自动分割算法自动分割出虚拟组织器官和肿瘤靶区，并重建患者的虚拟组织器官和肿瘤靶区轮廓数据；将患者治疗计划的组织器官和肿瘤靶区轮廓数据和虚拟组织器官和肿瘤靶区轮廓数据进行配准，输出患者摆位偏移量参数，判断是否符合放射治疗条件：如果不符合，则引导患者重新摆位；如果符合条件，则完成摆位。