本发明公开了一种针对高盐废水的层叠式生物净化装置及其净化方法，包括箱体，所述箱体内部设置有层叠式净水系统，用于对高盐废水进行层叠式多层分层回流净化处理，所述箱体内壁设置有多层式回流系统，用于实现整体的进出水以及废水在所述层叠式净水系统内部的多层回流，所述箱体外侧设置有联锁式中控系统，用于分层调控水体的回流比、液位及水温。有益效果在于：通过多层式回流系统配合层叠式净水系统实现对高盐废水进行层叠式多层回流处理，能够使耐盐微生物对高盐废水进行充分净化处理，处理效果好效率高。