本发明公开了一种含吲哚骨架结构的膦酸基减水剂、其制备方法及其应用。本发明所述膦酸基减水剂为由吲哚类化合物与环氧烷烃制得的吲哚衍生聚醚中间体、胺类单体、醛类单体及亚磷酸反应制得；所述吲哚衍生聚醚中间体与胺类单体的摩尔比为1:(1.02～1.04)，所述胺类单体、醛类单体、亚磷酸的摩尔比为1：(1.04~1.06)(a+3)：(1.0~1.03)(a+2)，a为1~45的整数。本发明所述膦酸基减水剂体现出了良好的减水和保坍性能，同时也有益于解决目前减水剂和混凝土骨料中粘土、硫酸盐的适应性问题；本发明工艺选择的原料成本低，合成采用多步一锅法，制备简单高效，反应效率高，实现工业上的大规模化的生产，并且合成过程环保。