本发明公开了一种基于模块化选择进行电磁暂态仿真的方法及系统，属于电磁暂态仿真技术领域。本发明方法包括：获取用于进行电磁暂态仿真的仿真请求，根据所述仿真请求中所包括的仿真内容和仿真参数生成与电磁暂态仿真相关联的仿真任务；确定每个功能模块单元的功能参数；在所选择的多个功能模块单元中确定至少一个需要进行调整的功能模块单元；获得经过调整的功能模块单元；获得经过选择的功能模块单元；利用多个经过选择的功能模块单元进行电磁暂态仿真。本发明利用多个经过选择的功能模块单元进行电磁暂态仿真，解决了针对子模块数量众多造成排序次数多，增加模型运算量的难题。