本申请实施例公开了一种火力发电系统中能效管理方法和系统。所述方法包括：应用控制器，用根据火力发电系统的运行数据来计算机组能效耗差数据；数据库，用于存储所述火力发电系统的运行数据以及能效耗差数据；服务器，用于利用所述数据库中的数据确定不同工况对应的最优操作量，并确定火力发电系统运行过程中的实时工况，从预先存储的不同工况对应的最优操作量，确定所述实时工况对应的目标最优操作量，控制所述火力发电系统的控制系统利用所述最优操作量进行操作；其中所述最优操作量能够使对应工况下所述火力发电系统的经济性能指标为最优。