本发明公开了一种地热回灌过滤系统及其应用，包括除气系统、除砂系统、换热系统和初效过滤系统，所述除气系统与除砂系统相连接，且除砂系统与换热系统相连接，所述换热系统与初效过滤系统相连接，且初效过滤系统与精效过滤系统相连接，并且精效过滤系统与回灌井相连接。本发明所述地热回灌过滤系统，能够提供更好地初步除砂效果，避免砂石对换热系统中的设备造成损坏，且能够对初效过滤和精效过滤中使用的过滤网进行清理，避免其内侧的滤网面产生结垢或堵塞而影响过滤效果。