本发明涉及一种计及损的综合能源系统优化调度方法和系统，包括：根据综合能源系统的损量确定综合能源系统中供电网络的各供能节点的最优电压；根据综合能源系统中供电网络的各供能节点的最优电压确定综合能源系统中供电网络的各供能节点的最优变压器变比；调节综合能源系统中供电网络的各供能节点的变压器变比为所述最优变压器变比。本发明提供的技术方案，以作为衡量系统供能能力与质量的标准，提出了计算综合能源系统电力网络和供热网络损量的方法，并以综合能源系统损量最小为目标对综合能源系统进行优化调度，尽可能的令综合能源系统对外做功的最大化，实现综合能源系统用能的“能质匹配”，提高综合能源系统的能源利用效率。