本申请公开了一种微波加热系统、微波电器、控制方法和存储介质。微波加热系统包括电源模块、控制模块、放大模块和微波源。电源模块输出直流电压，控制模块在运行周期的第一预设时长内控制放大模块的输入电压使放大模块的输出电压大于或等于微波源的工作电压，在运行周期的第二预设时长内控制放大模块的输入电压使放大模块的输出电压小于微波源的工作电压，第一预设时长大于第二预设时长。如此，通过控制模块可以在第二预设时长内，使得放大模块的输出电压小于微波源的工作电压，若微波源处于跳模的情况下，能够使微波源脱离跳模状态，恢复正常的工作状态，可以避免微波源长时间处于跳模，能够有效抑制微波源故障，延长微波源使用寿命。