本发明涉及一种具有主动控制系统的海上风机复合裙式基础结构及施工方法，包括风机塔筒、过渡段塔筒、斜腿支撑和裙式吸力桶，在裙式吸力桶上环向布置有若干均匀分布且嵌入岩石层的锚杆，并通过安装在裙式吸力桶上的锚固张拉装置向锚杆施加预应力，以防止裙式吸力桶倾斜；所述风机塔筒上安装有加速度传感器和主控设备，其中加速度传感器用于记录风机塔筒的加速度，并将该信号传递给主控设备，主控设备接收信号后通过控制锚固张拉装置从而调整锚杆的预张力，确保基础结构的整体稳定性。本发明通过一套主动控制技术，调整风机基础的系统刚度和自振频率，实现强风条件下风机高效稳定的并网发电，并及时修正风机的垂直度与位移，提高风机发电效率。