本发明涉及抗生素菌渣无害化处理技术领域，具体涉及一种抗生素菌渣制备有机肥的方法及其产品；通过将抗生素菌渣在超声条件下微波处理后和有机固体废弃物混合经好氧堆肥发酵后干燥、粉碎造粒得有机肥。本发明通过微波联合超声处理，在去除抗生素菌渣中残留的抗生素的同时实现抗生素菌渣中抗性基因的消减，避免抗生素菌渣再利用造成二次污染问题的发生。通过实验验证，本发明方法处理得到的无害化抗生素菌渣中抗生素残留量小于1mg/kg，在40min内就可以实现抗生素去除效率99.99％，抗性基因去除率大于6log。