本发明公开了一种基于Cuckoo哈希的文件系统目录管理方法及系统，本发明包括对目录中作为目标文件的子目录或子文件读取元数据的步骤：接收针对目标文件的读请求，迭代采用Cuckoo哈希的第i个哈希函数对目标文件的名称filename进行哈希计算，根据哈希计算结果确定目录的哈希表对应的第i个备选数据块；若第i个备选数据块存在目标文件的名称filename则读出目标文件的元数据并返回，结束；否则继续迭代，直至迭代结束返回不存在目标文件的消息。本发明在文件访问的关键路径上延迟小，能够实现并发读操作，能够显著加速应用程序针对大目录的数据访问。