本发明公开了一种减隔震结构选波及高效设计系统。所述系统包括：地震波数据库建立；初步布置减隔震方案，计算减隔震结构周期延长或附加阻尼比；确定某场地规范设计谱；根据多频段控制法在地震波数据库优选地震波；系统计算规范设计谱与地震波反应谱拟合度；结合设防与罕遇地震设计反应谱，系统多指标评价减隔震方案效果；根据评价结果修改方案，至满足系统评价要求；开展有限元软件减隔震分析验证；完成减隔震设计。本发明实现了一种高效率的减隔震设计方法，并综合设计分析评价系统，实现一体化操作流程，大幅提高了计算分析效率，减少减隔震设计过程中反复迭代次数，并适用于各地区高效减隔震设计推广应用。