本发明提供一种综合能源系统运行方法及系统，包括：在综合能源系统的任一调度周期内获取各能源设备的设备参数总集和在预设时长所采集的多能负荷数据；在设备参数总集中确定出第一设备参数集、第二设备参数集和第三设备参数集，以构建氢能综合利用模型、能源设备动态效率模型，进一步构建低碳优化模型并获取最优运行方案。本发明提供的综合能源系统运行方法及系统，通过强化氢能与电、热、气等不同能流形式之间的耦合互补关系，大幅度降低综合能源系统碳排放水平，提高系统能效利用水平。通过能源设备动态效率模型，精确实时反映综合能源系统设备运行状态和设备不同工况下对综合能源系统的低碳优化运行的影响，提高低碳运行方案科学、合理性。