本发明涉及一种半导体结构及其制备方法，包括：衬底；沟槽，位于衬底内；位线接触结构，位于沟槽内，且位线接触结构的上表面低于衬底的上表面，位线接触结构沿第一方向延伸；位线结构，位于位线接触结构上，且至少部分位于沟槽内；位线保护结构，包括顶层介质层及侧墙结构，顶层介质层位于位线结构上，与位线结构共同构成叠层结构；侧墙结构覆盖叠层结构位于衬底上的部分的侧壁，侧墙结构内具有第一空气间隙；隔离图形结构，隔离图形结构内具有第二空气间隙，所述隔离图形结构沿第二方向延伸，所述第二方向与所述第一方向相交，以于相邻位线保护结构之间及相邻隔离图形结构之间形成电容接触孔。可以减小电容接触孔的尺寸。