本发明公开了一种侧置散热器热管理系统并带有冷启动的燃料电池，包括电池、电解液箱、散热装置、电解液泵、第一温度传感器、制氧设备和控制模块；所述的散热装置包括热交换器、第二温度传感器、冷却液泵、冷却液源和散热器。本发明创新地提出了在电解液箱底部放置氧烛，对电解液箱底部直接加热，从而有效解决低温自主启动速度过慢的问题。本发明创新地提出了对电解液间接散热的新思路，使用防腐蚀、换热效率高的热交换器对从电堆中加热的电解液进行散热，然后再流入电解液箱中，有效解决了燃料电池在正常运行过程中出现的散热器腐蚀、堵塞和漏液等问题。