本发明公开了一种用于电力时频溯源比对的系统及方法，属于时间频率计量技术领域。本发明系统，包括：参考站的GNSS共视接收机，生成分解数据，并将分解数据发送至服务器；用户站的GNSS共视接收机，生成分解数据，并将分解数据发送至服务器，调用服务器下载标准时间数据，将用户站的本地时间与标准时间数据对比，确定用户站时间与参考站时间的差值，根据差值调节用户站GNSS共视接收机，使用户站时钟跟踪参考站时钟；服务器，接收分解数据，将分解数据还原为标准CGGTTS格式文件，根据标准CGGTTS格式文件确定用户站与参考站的时差值，并根据时差值确定标准时间数据。本发明有效的降低了网络端口受到外界攻击、数据被盗取破坏等风险。