本发明涉及隔膜压缩机技术领域，具体而言，涉及一种隔膜压缩机的全自动启停控制系统。一种隔膜压缩机的全自动启停控制系统，包括进气管路、级间管路、排气管路；进气管路、排气管路分别与隔膜压缩机的进气端和排气端相连，级间管路设置在隔膜压缩机各级气腔之间，隔膜压缩机各级上设有溢油管路；溢油管路上设置溢油阀，保证油腔内油压不超过设定值。本发明可实现隔膜压缩机启停的全自动控制，解决隔膜压缩机控制流程复杂，需现场人工操控的问题。同时该系统也可以实现气路系统的微正压保护，防止在启动阶段造成负压引起密封件失效，造成气体泄漏；停机卸荷后，微正压可防止空气漏入与压缩气体(如氢气)混合，避免发生安全事故。