本发明公开了一种用于电磁式电流互感器匝数补偿的方法及系统，属于电力系统设备检测技术领域。本发明方法，包括：建立电磁式互感器匝数补偿模型；针对补偿模型，进行双铁芯式的匝数补偿电流波形仿真，获取二次电流波形数据；针对补偿模型，对补偿模型中辅助铁芯的补偿绕组匝数进行调整，并进行电流波形仿真，获取不同匝数的对比波形数据；针对补偿模型，调节补偿模型中补偿绕组的绕制方向，并进行电流波形仿真，确定绕制方向对补偿模型中主铁芯二次电流波形的影响数据；对电磁式电流互感器的匝数进行补偿。本发明用于判断合适的参数优化电磁式电流互感器准确度，能够使电力系统安全良好的运行。