本发明提供一种基于多核处理器的风电机组专用可编程控制器及控制系统，可编程控制器包括多核处理器、FPGA逻辑处理器以及通信接口系统，多核处理器分别与FPGA逻辑处理器以及通信接口系统电连接；多核处理器用于根据获取的风电机组的运行数据生成控制信号，以控制风电机组执行对应的目标动作；FPGA逻辑处理器用于实现管理可编程控制器各模块的上电时序、多核处理器的并口地址数据线解复用以及通信功能；通信接口系统用于与风电机组之间进行通信，以获得运行数据，并将数据处理结果传输至风电机组。本发明在控制器的内部设计适用于风电机组控制的算法、控制流程等，可以实现控制器级的风电控制过程可控、控制流程优化以及精密级故障诊断。