本发明属于DNA多面体设计与合成领域，具体涉及一种DNA多面体拓扑结构的构筑方法，包括：步骤1，获取目标多面体，并对目标多面体中不相邻的三度顶点进行标记；步骤2，利用奇数次扭曲边替换与目标多面体中所有不相邻的三度顶点相连的边，目标多面体中其余的边用偶数次扭曲边替换，得到优化后的DNA多面体拓扑结构；步骤3，判断优化后的DNA多面体拓扑结构中是否存在不相邻的三度顶点，若存在，则重复步骤1至步骤2，直至得到最优DNA多面体拓扑结构；反之，则优化后的DNA多面体拓扑结构为最优DNA多面体拓扑结构，该方法能够快速、简便地定性分析由最少数目DNA单链构筑DNA多面体拓扑结构的合理方案，结果准确可信。