本发明公开了一种水电站黑启动机组励磁系统及并网信号投入、切除方法，所述系统包括机组LCU、UPS电源与励磁并网信号切换继电器；机组LCU设置第一开入点与第二开入点；机组LCU设置第一开出点与第二开出点；第一开出点、第二开出点分别与励磁并网信号切换继电器相连。励磁并网信号通过励磁并网信号切换继电器的两对常开接点并联输入到励磁调节器。本发明能够有效解决黑启动零起升压依赖人员到现场手动操作的难题，实现了水电站黑启动的全流程自动化、智能化；有利于电网尽快恢复供电，缩短了停电时间，提高了黑启动的时效性，降低停电带来的损失。