本发明公开了一种微波消融分析系统，包括多头消融针、蠕动泵组、冷水源、控制器、气体循环泵、冷气源、微波仪，所述蠕动泵组包括一个以上的蠕动泵，多头消融针的每个针头均通过蠕动泵与冷水源连接，所述多头消融针通过气体循环泵与冷气源连接，多头消融针的各个针头连接在微波仪的通道上，且各个针头连接的通道不相同，所述控制器包括依次连接的凝固区确定单元、消融针确定单元、电磁场单元、温度场单元，且所述温度场单元分别与凝固区确定单元、消融针确定单元连接。本发明通过肿瘤凝固区确定需要的温度场和电磁场，根据温度场和电磁场确定出需要的消融针，因此能够有效的防止出现消融空洞和间隙，使得消融效果好。