本发明公开了一种判别对抗网络的恶意应用检测方法和系统，所述方法包括如下步骤：建立应用的API调用神经网络；建立应用的权限神经网络；建立应用的操作码序列神经网络；分别向上述三种神经网络输入对应的特征，获取分别输出的三种特征矢量；将三种输出的特征矢量输入到判别对抗网络中，输出应用的识别结果。述方法和系统通过建立判别对抗网络(DAN)架构对恶意应用进行识别，所述判别对抗网络(DAN)将传统的GAN中的生成器替换为鉴别器，所述判别对抗网络的其中一个鉴别器可以检测恶意软件，另一个鉴别器对混淆无感知，可以识别具有不同域的混淆和未混淆恶意应用，并消除了学习中混淆带来的偏差。